Macornay est situé dans le Revermont, à 5 minutes du centre ville de la préfecture du département du Jura, Lons-le-Saunier, mais à l'écart des grands axes de circulation. Situé à l'intersection des routes menant à Vernantois, Bornay et St-Julien, il est planté à l'entrée de la reculée de Vaux sous Bornay.
Macornay est composé d'un village, avec une place qui outre la couverture en lauzes de son église a conservé sa fontaine et son lavoir monumental, et de ses deux hameaux : la Fontaine aux Daims et Vaux-sous-Bornay.
Le territoire de la commune occupe une superficie de 459 hectares à une altitude variant de 250 à 500 mètres.
La diversité de l'environnement ajoute aux rives de la Sorne et du Savignard, une cascade, une grotte (avec ses chauves souris) et la réserve naturelle de Mancy dont les 2/3 de la surface se trouvent sur le territoire de Macornay.
Les vignobles de coteaux ont disparu.
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